Wszyscy beneficjenci projektów realizowanych ze wsparciem funduszy UE w toku realizacji inwestycji, jak i w okresie jej trwałości, muszą być przygotowani na kontrole: końcowe, warunkujące wypłatę ostatniej transzy dotacji i finalnego zatwierdzenia przedsięwzięcia, a także inne kontrole planowe i doraźne. W praktyce każdy beneficjent może spodziewać się przynajmniej 1 kontroli w toku realizacji dofinansowanego przedsięwzięcia.