Istotnym zagadnieniem związanym z transakcjami zbycia nieruchomości jest kwestia prawidłowego zastosowania zwolnienia wynikającego z art. 43 ust. 1 pkt 10 ustawy o VAT, zgodnie z którym zwalnia się od podatku dostawę budynków, budowli lub ich części, z wyjątkiem gdy dostawa jest dokonywana w ramach pierwszego zasiedlenia lub przed nim. Dotyczy to również sytuacji, gdy pomiędzy pierwszym zasiedleniem a dostawą budynku, budowli lub ich części upłynął okres krótszy niż 2 lata.
Ustalenie rzeczywistego stanu składników majątku, dokonywane w trakcie inwentaryzacji, powinno odbywać się w kilku odmiennych formach zależnych od rodzaju aktywów lub pasywów: spisu z natury, porównania stanów określonych w księgach rachunkowych z dokumentami źródłowymi oraz potwierdzenia sald. Składniki, które nie mogą być zweryfikowane drogą spisu z natury, należy inwentaryzować drogą potwierdzenia sald.
W walce polegającej na przeciwdziałaniu praniu brudnych pieniędzy instytucje obowiązane, w tym m.in. biura rachunkowe, mają określone zadania, z których zgodnie z ustawą o praniu pieniędzy i przeciwdziałaniu terroryzmowi muszą się bezwzględnie wywiązywać. Instytucje te mają obowiązek rejestrować i zgłaszać podejrzane transakcje. W praktyce jednak nasuwa się wiele wątpliwości, jakie transakcje powinny wzbudzać podejrzenie osób m.in. prowadzących księgi rachunkowe, a także notariuszy, biegłych rewidentów, fundacji itp.