Krajowy System eFaktur powstał by ułatwić życie przedsiębiorcom, ale jest też nowym obowiązkiem, którego przestrzeganie narzuca prawo. Firmy, które nie będą przestrzegać jego zasad, muszą liczyć się z dotkliwymi karami, wynoszącymi nawet 100% kwoty podatku z faktury wystawionej poza KSeF.