Jak podała NIK, Ministerstwo i Agencja na ogół prawidłowo nadzorowały przygotowanie i realizację projektów, przewidzianych do dofinansowania lub wspieranych środkami z PO RPW w pierwszych trzech latach jego funkcjonowania (2007-2009).
W przypadku ministerstwa nieprawidłowości dotyczyły głównie przypadków naruszenia procedur przy naborze wniosków do Planu Inwestycyjnego Programu. Natomiast w PARP uwagi kontrolerów NIK odnosiły się do procedur przy ocenie wniosków o dofinansowanie projektów.
Rzecznik PARP Miłosz Marczuk powiedział, że Agencja od razu zajęła się naprawą zaniedbań. "Ponadto ustalono z Instytucją Zarządzającą PO RPW, że informacje o zamiarze podpisania umowy przekazywane będą z wyprzedzeniem mailowo, i tak też się dzieje" - poinformował.
Dodał, że podczas X Posiedzenia Komitetu Monitorującego Program Operacyjny Rozwój Polski Wschodniej 2007-2013, które odbyło się w 25 listopada ubiegłego roku w Warszawie, jednym z punktów porządku obrad było przedstawienie zasad stosowania kryterium kompletności (jednolitego systemu zarządzania i monitorowania projektów indywidualnych) przy ocenie formalnej wniosków o dofinansowanie projektów z PO RPW.
NIK pozytywnie - choć wskazując nieprawidłowości - oceniła przygotowanie i realizację projektów przez osiem jednostek samorządowych, sześć wyższych uczelni oraz trzy spółki prawa handlowego. Negatywnie oceniono dwie jednostki samorządowe oraz jeden z Oddziałów Generalnej Dyrekcji Dróg Krajowych i Autostrad. Zastrzeżenia NIK dotyczyły przede wszystkim przypadków opóźnień w przygotowaniu projektów do realizacji, przedkładania do oceny niekompletnych wniosków o dofinansowanie i naruszenia przepisów o zamówieniach publicznych.
Kontrolerzy podkreślili potrzebę podjęcia przez ministra rozwoju regionalnego działań zmierzających do usprawnienia stosowanych instrumentów oddziaływania na podmioty uczestniczące w programie, w celu przyspieszenia realizacji projektów.
Program Operacyjny Rozwój Polski Wschodniej jest jednym z instrumentów polityki regionalnej, do których należą: regionalne programy operacyjne przygotowywane przez samorządy województw oraz krajowe programy operacyjne: Innowacyjna Gospodarka, Infrastruktura i Środowisko, Kapitał Ludzki, Pomoc Techniczna oraz programy Europejskiej Współpracy Terytorialnej.
W ramach PO RPW są realizowane projekty o kluczowym znaczeniu dla rozwoju społeczno gospodarczego pięciu województw Polski Wschodniej. Finansowane są przede wszystkim inwestycje w zakresie infrastruktury wspierającej działalność naukową i badawczą oraz zakładające modernizację miejskich lub regionalnych systemów komunikacyjnych, a także realizowane są przedsięwzięcia zwiększające atrakcyjność inwestycyjną i turystyczną regionu.