Senat uznał, że należy - w drodze poprawki - zapewnić zbieżność przepisów nowelizowanej ustawy z ustawą o VAT i ustawą o transporcie drogowym. Część poprawek ujednolica nowelizację z regulacjami zawartymi w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej.
Ponadto Senat zdecydował, że dla osób fizycznych, które nie prowadzą działalności gospodarczej, a będących jednocześnie płatnikami składek społecznych, identyfikatorem podatkowym nadal pozostanie numer NIP.
Senat uznał także za celowe, by jednoznacznie przesądzić, że od dnia wejścia w życie ustawy do końca 2011 r. osoby fizyczne, które nie prowadzą działalności gospodarczej, mimo objęcia ich numerem PESEL, jako identyfikatorem podatkowym, nadal będą otrzymywały NIP. Inna poprawka Senatu zakłada przekształcenie Krajowej Ewidencji Podatników w Centralny Rejestr Podmiotów - Krajową Ewidencję Podatników (uchwalona przez Sejm zmiana przewiduje utworzenie CRP-KEP jako nowego podmiotu).
Zgodnie z nowelizacją od przyszłego roku jedynym identyfikatorem dla osób fizycznych, które nie prowadzą działalności gospodarczej i nie są zarejestrowanymi podatnikami VAT, będzie PESEL. Ponadto ustawa przewiduje, że od 1 stycznia 2012 r. przestanie istnieć obowiązek aktualizowania danych w urzędzie skarbowym przez osoby fizyczne. Nie będą one musiały zgłaszać kolejnych zmian związanych z danymi, które zawiera rejestr PESEL.
Naczelnik urzędu skarbowego zaktualizuje te dane automatycznie po ich otrzymaniu z rejestru PESEL. Aktualizacja danych będzie konieczna w przypadku, gdy adres zamieszkania osoby fizycznej będzie inny, niż zameldowania. Osoby fizyczne w kontaktach z administracją podatkową będą mogły posługiwać się numerem PESEL.
Ponadto firmom, które nadal będą musiały posiadać NIP, będzie on nadawany od razu, a nie w drodze decyzji administracyjnej naczelnika urzędu skarbowego. Ma to skrócić i uprościć procedurę, która prowadzona jest na podstawie Ordynacji podatkowej.
Zgodnie z nowelizacją 1 września 2011 r. ma ruszyć Centralny Rejestr Podmiotów - Krajowa Ewidencja Podatników, którego działalność skróci obieg informacji w urzędach skarbowych i przyspieszy obsługę podatników.
Rejestr ma zawierać dane ewidencyjne z rejestru PESEL, które będą wiążące dla administracji podatkowej. Znajdą się tam także dane z dokumentów wynikających z przepisów podatkowych. Chodzi o informacje dotyczące m.in.: obowiązków podatkowych, okresu zawieszenia działalności gospodarczej, wyboru przez przedsiębiorcę formy opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych.