Przedmiotem sporu przed TK było rozporządzenie ministra finansów, które nakłada na kupującego w UE towary tzw. zharmonizowane (alkohol, papierosy, paliwo, gaz) podlegające podatkowi akcyzowemu, obowiązek uzgadniania z naczelnikiem urzędu celnego sposobu prowadzenia ewidencji tych zakupów. Naczelnik musi też ewidencję zatwierdzić.
Obowiązek uzgadniania z urzędem celnym zasad prowadzenia ewidencji zakwestionowała spółka z Krakowa, która zwróciła się do tamtejszego Naczelnika Urzędu Celnego z prośbą o interpretację przepisów spornego rozporządzenia ministra finansów.
Otrzymała odpowiedź potwierdzającą konieczność takich uzgodnień, odwołała się jednak do dyrektora Izby Celnej w Katowicach, a gdy i jego stanowisko było negatywne, złożyła zażalenie do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (WSA).
Gdy WSA oddalił zażalenie, spółka zaskarżyła je do Naczelnego Sądu Administracyjnego (NSA). Zdaniem spółki "obowiązek ustalania z naczelnikiem urzędu celnego sposobu prowadzenia ewidencji kupionych w UE towarów akcyzowych został nałożony przez ministra finansów bez upoważnienia ustawowego". Podkreślała też, że "przepisy rozporządzenia są na tyle niejasne, że nie ma możliwości ich prawidłowego stosowania".
NSA miał wątpliwości, czy minister finansów w rozporządzeniu rzeczywiście nie nałożył na podatników akcyzy nowego obowiązku, który nie wynika z upoważnienia ustawowego - do czego, zgodnie z konstytucją, nie miał prawa. Zwrócił się więc o wyjaśnienie sprawy przez TK.
Trybunał orzekł, że przepisy, o które pytał NSA, są zgodne z konstytucją (sygn. P 58/07).
"Upoważnienie ustawowe dawało ministrowi finansów prawo do określenia sposobu prowadzenia ewidencji towarów akcyzowych. Sposób zaś to nie tylko rodzaj ewidencji, ale także tryb jej prowadzenia, np. rodzaj programu komputerowego" - uzasadniła wyrok sędzia sprawozdawca Maria Gintowt-Jankowicz.
Dodała, że "celem kontroli ewidencji przez organy celne jest zapewnienie dobrej komunikacji między podatnikiem akcyzy a urzędem celnym, dostarczenie informacji o rodzaju sprowadzonych z Unii towarów oraz zapłaconej od nich akcyzie".