Do 1 maja 2004 r. umowy spółek oraz ich zmiany opodatkowane były podatkiem od czynności cywilnoprawnych (PCC). Sytuacja uległa zmianie 1 maja 2004 r., kiedy Polska stała się członkiem Unii Europejskiej i moc obowiązującą zyskały przepisy wspólnotowe, m.in. postanowienia Dyrektywy Rady UE nr 69/335/EWG z 17 lipca 1969 r. zwanej dyrektywą o podatku kapitałowym. Dyrektywa ta reguluje w UE zasady opodatkowania operacji związanych z tworzeniem i przekształcaniem spółek prawa handlowego, w tym opodatkowania umów spółek oraz ich zmiany.
Artykuł 7 ust. 1 Dyrektywy przewiduje zwolnienie przedmiotowe dla określonych rodzajów czynności prawnych. Zgodnie z nim, państwa członkowskie powinny zwolnić z podatku kapitałowego operacje, które 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,5 proc. lub niższą. Ponieważ PCC odpowiada swym zakresem podatkowi kapitałowemu określonemu w dyrektywie, przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych należy rozpatrywać w kontekście art. 7 ust. 1 dyrektywy o podatku kapitałowym.
1 lipca 1984 r. w Polsce obowiązywała ustawa z 19 grudnia 1975 r. o opłacie skarbowej regulująca opodatkowanie operacji, dziś opodatkowanych PCC. Ani ta ustawa, ani żaden inny akt prawny obowiązujący w tym dniu nie przewidywał opodatkowania zawarcia umowy spółki lub podwyższenia jej kapitału zakładowego podatkiem od czynności cywilnoprawnych, opłatą skarbową ani inną daniną publiczną. Wynika stąd, że art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k) oraz art. 1 ust. 1 pkt 2 ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 41, poz. 399 z późn. zm.) są niezgodne są z art. 7 ust. 1 Dyrektywy o podatku kapitałowym, co wyłącza ich stosowanie jako prawnej podstawy opodatkowania tym podatkiem umów spółki i ich zmian.
Stanowisko takie znalazło potwierdzenie w orzeczeniu Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości z 13 lutego 2006 r. wydanym w odniesieniu do podobnego stanu prawnego (C197/94). ETS stwierdził, że art. 7 ust. 1 Dyrektywy w sprawie podatku kapitałowego wyłącza stosowanie prawa krajowego.
Polskie organy podatkowe nie zajęły jeszcze stanowiska w tej sprawie, choć toczą się już takie postępowania, m.in. w małopolskich urzędach skarbowych.
Maciej Dudzic