Ustawa umożliwia CBA prowadzenie kontroli nawet przez trzy kwartały. Sprzeciwiały się temu najważniejsze organizacje pracodawców: Business Centre Club, Polska Konfederacja Pracodawców Prywatnych (PKPP) Lewiatan oraz Konfederacja Pracodawców Polskich. Podnoszono obawy, że literalnie traktowane przepisy ustawy o CBA utrudnią prowadzenie firm.
Dlatego jeszcze w czasie prac nad ustawą w Senacie minister Mariusz Kamiński, obecnie szef CBA, zapewnił publicznie przedsiębiorców, że odpowiednim rozporządzeniem kontrole u nich skróci do czterech tygodni, i dotrzymał słowa. Zgodnie z rozporządzeniem funkcjonariusz CBA może wykonywać czynności kontrolne w siedzibie lub innych miejscach prowadzenia działalności kontrolowanego, który jest przedsiębiorcą, nie dłużej niż 4 tygodnie w trakcie kontroli prowadzonych w danym roku kalendarzowym.
Funkcjonariusz przed przystąpieniem do czynności kontrolnych musi okazać legitymację i imienne upoważnienie. Przebieg i wynik czynności kontrolnych podlegają dokumentacji. Kontrolowany ma prawo zgłosić zastrzeżenia do ustaleń zawartych w protokole kontroli. Są one analizowane przez szefa Biura.
Funkcjonariusz prowadzący bierze udział w rozpatrywaniu zastrzeżeń. Jeżeli wyniki kontroli wskazują na potrzebę jej przeprowadzenia w szerszym zakresie przez inne organy, funkcjonariusz przygotowuje projekt informacji dla tych organów. Rozporządzenie zobowiązuje też CBA do przeprowadzania czynności kontrolnych w formie kontroli planowanych i doraźnych. Biuro sporządza roczny plan kontroli planowanych, który zatwierdza szef.