Jeżeli zobowiązanie podatkowe zgodnie z przepisami płacone jest w ratach, to zaległość podatkowa powstaje odrębnie z tytułu każdej niezapłaconej w terminie raty. Odsetki za zwłokę w tym przypadku nalicza się odrębnie dla każdej zaległej raty od następnego dnia po dniu upływu terminu płatności raty.
Ministerstwo Finansów wypowiedziało się w kwestii naliczania odsetek od zaległych podatków płaconych w ratach.
W ocenie MF do zobowiązań podatkowych, płaconych zgodnie z przepisami prawa podatkowego w ratach (np. podatek od nieruchomości czy podatek rolny), zaległość powstaje odrębnie z tytułu każdej niezapłaconej w terminie płatności raty. Odsetki za zwłokę będą w tym przypadku naliczane odrębnie dla każdej zaległej raty podatku od dnia następującego po dniu upływu terminu płatności tej raty. Podstawą do naliczania odsetek za zwłokę przy wpłacie kilku zaległych rat podatku powinny być poszczególne zaległe raty podatku, a nie suma tych rat. Z tym zastrzeżeniem, że zasadę nienaliczania odsetek za zwłokę, gdy ich wysokość nie przekracza trzykrotności wartości opłaty dodatkowej pobieranej przez Pocztę Polską za polecenie przesyłki listowej, stosuje się w odniesieniu do poszczególnych zaległych rat podatku. Podobne zasady powinny być stosowane w przypadku łącznego zobowiązania pieniężnego w podatku rolnym. Chodzi o sytuację, gdy na osobie fizycznej ciąży obowiązek podatkowy w zakresie podatku rolnego oraz jednocześnie w zakresie podatku od nieruchomości lub podatku leśnego dotyczący przedmiotów opodatkowania położonych na terenie tej samej gminy. Wówczas wysokość należnego zobowiązania podatkowego pobieranego w formie łącznego zobowiązania pieniężnego organ podatkowy ustala w jednej decyzji (art. 6c ust. 1 ustawy o podatku rolnym).
Zdaniem MF także w tym przypadku podstawą do naliczania odsetek powinny być zaległe raty łącznego zobowiązania pieniężnego, a nie suma zaległych rat.
Pismo MF z dnia 18 października 2005 r. w sprawie nienaliczania odsetek za zwłokę (nr SP1-751/8012-153/2570/05/JL).