Co do zasady, niezarejestrowany podatnik nie będzie mógł odliczyć podatku wynikającego z faktur otrzymanych w okresie przed rejestracją w US. Tak stanowią polskie przepisy, które są niezgodne z regulacją zawartą w VI Dyrektywie (art. 17) dotyczącej zasad europejskiego systemu VAT.
Natomiast kontrahent, który otrzyma fakturę wystawioną przez niezarejestrowanego podatnika, będzie miał prawo do odliczenia, ale musi liczyć się z tym, że organ podatkowy może podważyć takie odliczenie.
Pozostaje jeszcze kwestia wyjaśnienia, co z dokonywaniem czynności opodatkowanych w momencie złożenia wniosku rejestracyjnego, ale jeszcze przed właściwą rejestracją? Otóż, jak powiedział na konferencji podatkowej Jerzy Martini z Baker&McKenzie, podatnikowi przysługuje w takich przypadkach prawo do odliczania i naliczania podatku. Kontrahentowi niestety trzeba wystawić fakturę bez NIP, a ewentualnie później (po uzyskaniu NIP) przesłać notę korygującą.
Europejski Trybunał Sprawiedliwości wielokrotnie zajmował stanowisko w tej sprawie. I tak np. w wyroku z 21 marca 2000 r. (C-110/98, sprawa Gabalfrisa) stwierdzono, że art. 17 VI Dyrektywy w sprawie harmonizacji ustawodawstw państw członkowskich w odniesieniu do podatków obrotowych wyklucza możliwość wprowadzenia przepisów krajowych, które uzależniałyby skorzystanie z prawa do odliczenia VAT zapłaconego przez podatnika tego podatku przed rozpoczęciem regularnej działalności opodatkowanej, od spełnienia pewnych kryteriów, np. złożenia stosownego wniosku przed powstaniem obowiązku podatkowego lub faktycznego rozpoczęcia działalności opodatkowanej.