Do końca 2006 roku podatnik nie mógł odliczyć VAT, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu, jest zwolniona od podatku - a kwota wykazana w fakturze nie została uregulowana. Oznaczało to, że nawet w przypadku gdy faktura dokumentowała czynność niepodlegającą opodatkowaniu lub zwolnioną od podatku, to podatnik, który uregulował kwotę wykazaną w tej fakturze, zachowywał prawo do obniżenia podatku należnego (ewentualnie do zwrotu różnicy podatku czy też do zwrotu podatku naliczonego).
Z początkiem 2007 roku wprowadzono do art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.) modyfikację. Określono, że nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku. Zrezygnowano z wymogu, aby podatnik nie uregulował kwoty wykazanej w fakturze.
Zobacz: Podatek od nieruchomości - jak ustalana jest wysokość zobowiązania?
Jednocześnie przepisy ustawy o VAT przewidują, że w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Obowiązek zapłaty podatku wykazanego w wystawionej fakturze aktualny jest również w sytuacji, gdy podatnik wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku wyższą od kwoty podatku należnego.
Wspomniany obowiązek zapłaty, w połączeniu ze zmianą art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT powoduje, iż w przypadku gdy zostanie wystawiona faktura (mimo że transakcja nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku) podatek będzie musiał być odprowadzony. Jednocześnie podatnik zostaje w takiej sytuacji pozbawiony prawa do obniżenia podatku należnego (lub do zwrotu różnicy podatku czy też odpowiednio zwrotu podatku naliczonego).
W opinii ekspertów wspomniana zmiana sprzeczna jest z podstawową, z punktu widzenia VAT, zasadą neutralności podatku. Istnienie obowiązku zapłaty podatku wykazanego w fakturze, przy jednoczesnym zakazie obniżenia kwoty podatku, spowoduje, że to podatnik VAT poniesie ciężar podatkowy, a nie konsument.