Zgodnie z ustawą o finansach publicznych z 27 sierpnia 2009 r., płatności na rzecz beneficjentów dokonywane są od 1 stycznia 2010 r. z rachunku Ministra Finansów otwartego w Banku Gospodarstwa Krajowego, który pełni rolę tzw. Płatnika.
Płatności są dokonywane na podstawie zleceń przesyłanych do Banku w formie elektronicznej przez te instytucje, które zawarły umowy z beneficjentami oraz, w niektórych przypadkach, bezpośrednio przez uprawnionych beneficjentów (państwowe jednostki budżetowe). Łącznie jest to ponad 200 instytucji z całego kraju.
Stworzony w BGK portal komunikacyjny „BGK - ZLECENIA" jest narzędziem informatycznym służącym do szybkiego i jednocześnie bezpiecznego tworzenia oraz przekazywania zleceń płatności.
BGK prowadzi także obsługę wypłat na współfinansowanie w części krajowej, w ramach umów zawartych z niektórymi dysponentami części budżetowych.
Składanie zleceń płatności w formie elektronicznej ma przyspieszyć otrzymywanie środków przez beneficjentów (niezależnie od miejsca ich siedziby). Płatności na rzecz beneficjentów od początku 2010 r. dokonywane są cyklicznie - zgodnie z zatwierdzonym przez Ministerstwo Finansów terminarzem.
Środki przelewane są na konta beneficjentów średnio cztery razy w ciągu miesiąca, zatem już w kilka lub maksymalnie kilkanaście dni po pozytywnym zweryfikowaniu przez wspomniane instytucje wniosku beneficjenta o płatność lub zaliczkę, beneficjent / podmiot upoważniony przez beneficjenta lub wykonawca otrzyma środki UE (a w odpowiednich przypadkach również środki współfinansowania krajowego) na swój rachunek.
Obsługiwany przez BGK system nie powoduje żadnych dodatkowych obowiązków po stronie beneficjenta, nie musi on np. otwierać nowego rachunku bankowego, dostarczać dodatkowych dokumentów, ani ponosić dodatkowych kosztów.
Zobacz także: Firma.wieszjak.pl