Uchwała zapadła w poszerzonym, siedmioosobowym składzie sędziowskim, ponieważ nie tylko sądy niższych instancji, ale i sam NSA miał wątpliwości.
Chodziło o to, jaką część podatku zawartego w cenie kupowanych towarów i usług (tzw. podatku naliczonego) może odliczyć podatnik VAT. Zasadą jest, że odlicza podatek w takim zakresie, w jakim towary i usługi wykorzystuje w działalności, od której płaci podatek do urzędu skarbowego. Bywa jednak, że zakupy wykorzystuje zarówno do wykonywania czynności opodatkowanych, jak i zwolnionych od podatku oraz niepodlegających opodatkowaniu VAT.
Przykładem może być zakup energii elektrycznej do budynku, w którym podatnik wykonuje zarówno czynności opodatkowane (np. usługi konsultingowe), czynności zwolnione z VAT (usługi szkoleniowe), jak i czynności niepodlegające opodatkowaniu (sprzedaż zorganizowanej części przedsiębiorstwa).
W sprawie, którą zajął się NSA, chodziło o spółkę prowadzącą działalność w zakresie gier na automatach. Do końca 2008 r. działalność ta również nie podlegała VAT (dziś jest zwolniona z podatku). Oprócz tego spółka wykonywała czynności opodatkowane VAT. Firma spytała izbę skarbową, jak ma odliczyć podatek naliczony od zakupów, które wykorzystuje zarówno w działalności opodatkowanej VAT, jak i nim nie objętej.
Izba skarbowa odpowiedziała, że w takiej sytuacji spółka w ogóle nie może odliczyć podatku zawartego w cenie zakupów służących obu rodzajom działalności. Firma zaskarżyła interpretację izby do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Opolu. Ten uznał przeciwnie niż izba - że "w sytuacji, gdy podatek naliczony związany jest zarówno z czynnościami opodatkowanymi, jak i niepodlegającymi opodatkowaniu, przy czym nie jest możliwe przyporządkowanie odpowiednich kwot do każdego z powyższych rodzajów czynności, podatek naliczony podlega w całości odliczeniu".
Izba zaskarżyła ten wyrok do Naczelnego Sądu Administracyjnego, ale ten także miał wątpliwości. Sprowadzały się one do tego, jak rozumieć art. 90 ust. 1 - 3 ustawy o podatku od towarów i usług. Przepisy te każą podatnikowi wyodrębnić, jaka część podatku naliczonego jest związana z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do odliczenia podatku, a jaka jest związana z czynnościami, w stosunku do których prawo do odliczenia VAT nie przysługuje.
Jeżeli takie wyodrębnienie nie jest możliwe, podatnik musi zastosować proporcję. Polega to na tym, że w liczniku wpisuje wyłącznie czynności, w związku z którymi ma prawo do odliczenia podatku naliczonego. Natomiast w mianowniku podaje cały swój obrót, tzn. zarówno z czynności, w związku z którymi ma prawo do odliczenia podatku naliczonego, jak i z czynności w odniesieniu do których nie przysługuje mu takie prawo. Im więcej wpisze w mianowniku, tym mniej odliczy.
Pytanie sprowadzało się do tego, czy do mianownika wpisywać czynności niepodlegające opodatkowaniu (co powodowałoby, że podatnik odliczałby mniej podatku zawartego w cenie zakupów), czy ich nie wpisywać (dzięki temu podatnik odliczałby więcej podatku naliczonego).
W wyroku z 30 czerwca 2009 r. (sygn. I FSK 904/08) NSA stwierdził, że przy wyliczaniu proporcji nie należy brać pod uwagę czynności nieopodatkowanych. Powód - nie ma jednego zamkniętego katalogu czynności niepodlegających opodatkowaniu, więc podatnik nigdy nie miałby pewności, że uwzględnił je wszystkie.
Pogląd ten NSA podtrzymał w uchwale z 24 października 2011 r. (sygn. I FPS 9/10). "W świetle przepisów art. 86 ust. 1 oraz art. 90 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (....) czynności niepodlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług nie mogą wpłynąć na zakres prawa do odliczenia podatku naliczonego przy zastosowaniu art. 90 ust. 3 powołanej wyżej ustawy" - orzekł NSA.