Najważniejsze zmiany dotyczą wprowadzenia porozumień w sprawach ustalenia cen transakcyjnych i wdrożenia regulacji w zakresie wydawania przez ministra finansów publicznych pisemnych interpretacji stosowania postanowień umów o unikaniu podwójnego opodatkowania – wynika z opinii Polskiej Konfederacji Pracodawców Prywatnych Lewiatan. Do istotnych propozycji zmian ponadto zaliczono rozszerzenie form elektronicznych w kontaktach z podatnikami oraz umożliwienie im składania pism drogą elektroniczną, a także przesyłanie przez organy podatkowe tą samą drogą pism do podatników (jeżeli podatnik wybierze taką formę) czy zminimalizowanie obowiązku osobistych kontaktów pomiędzy podatnikami a organami podatkowymi.
Podczas dwóch pierwszych posiedzeń podkomisji zaproponowano dodatkowe zmiany do projektu przedłożonego przez rząd. Najważniejsze z nich dotyczą, zgodnej z postulatami PKPP Lewiatan, modyfikacji porozumień w sprawach ustalenia cen transakcyjnych.
Poza tym uchylono zarówno art. 24a, jak i 24b (klauzula obejścia prawa). Dodano natomiast art. 199a, zgodnie z którym organ ustalając treść czynności prawnej uwzględnia nie tylko dosłowne brzmienie oświadczeń woli, ale i zgodny zamiar stron i cel czynności. Jeśli zaś pod pozorem dokonania czynności prawnej dokonano innej czynności, skutki podatkowe wywodzi się z tej ukrytej. Gdy natomiast z dowodów zgromadzonych w toku postępowania wynikają poważne wątpliwości co do istnienia lub nieistnienia stosunku prawnego bądź prawa, z którym związane są skutki podatkowe, organ podatkowy występuje do sądu powszechnego o ustalenie istnienia bądź nieistnienia tego stosunku prawnego lub prawa. Zaproponowano również nowelizację k.p.c., polegającą na dodaniu przepisu przyznającego organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej w toku prowadzonego postępowania uprawnienie do żądania ustalenia przez sąd istnienia bądź nieistnienia stosunku prawnego bądź prawa, jeśli jest to niezbędne dla oceny skutków podatkowych.